Свойства вируса гриппа определяются действием поверхностных антигенов гемагглютинина (Н) и нейраминидазы (N), которые как шипы поднимаются над оболочкой вируса. Гемагглютинин отвечает за внедрение вируса в клетку хозяина, тяжесть заболевания напрямую зависит от свойств этого антигена. Нейраминидаза задает ферментативную активность и отвечает за размножение вируса. Оба поверхностных антигена Н и N имеют выраженную способностью к изменчивости, этим объясняется появление новых штаммов гриппа и невозможность создания стопроцентно эффективного лекарства от гриппа. Небольшие изменения структуры гриппа, к которым иммунитет человека оказывается неподготовленным, происходят каждый год. Поэтому ежегодно возникают эпидемии этого заболевания. При этом уникальность каждого нового вируса определяется уникальностью комбинации белков Н и N.

Из трех существующих типов вируса гриппа (А, В и С) возбудитель гриппа А считается самым опасным. Все тяжелые эпидемии и пандемии были спровоцированы вирусами гриппа А, которые способны поражать не только человека, но и животных (птиц, свиней, хорьков и др.). Самая высокая вирулентность вируса А объясняется существованием большого числа вариантов антигенов Н и N. На настоящий момент различают 15 антигенных подтипов гемагглютинина (H1-H15) и 9 подтипов нейраминидазы (N1-N9). Учитывая изменчивость структуры белков Н и N , вирус гриппа А может иметь какую угодно генетическую комбинацию, откуда и получаются различные штаммы гриппа: H2N2, H3N2, H1N1.

Вирусы гриппа В выделяются только у людей, не вызывают крупных эпидемий, а бывают причиной редких локальных вспышек. Изменчивость вируса В носит медленный характер, т.к. он содержит всего один тип гемагглютинина и один тип нейраминидазы.

Вирус гриппа С мало изучен. Известно, что он инфицирует только человека, при этом болезнь проходит в легкой форме и почти безсимптонно. В отличие от вирусов А и В, вирус С содержит всего один поверхностный антиген и изменениям не подвергается.