Арбидол относиться к ингибиторам фузии. Препарат действует на ранних стадиях вирусной репродукции и ингибирует слияние вирусной липидной оболочки с клеточными мембранами, предотвращая проникновение вируса внутрь клетки. Мишенью действия препарата является поверхностный белок вируса гриппа гемагглютинин (ГА). Арбидол взаимодействует с ГА вируса гриппа, увеличивая его стабильность к конформационным изменениям, индуцированным низким рН, и, как следствие, ингибирует процесс слияния оболочки вируса с мембранами эндосом, то есть проникновение вируса внутрь клеток.

Арбидол по механизму действия отличается от применяемых противогриппозных препаратов: амантадина и ремантадина, являющихся блокаторами ионных каналов, образованных М2 белком вируса гриппа, и ингибиторов нейраминидазы (NA) - занамивира (Реленза) и озельтамивира (Тамифлю) .

Доклинические и клинические исследования показали также, что высокая эффективность Арбидола является результатом разнообразия его биологической активности и обусловлена помимо специфического действия на вирусную репродукцию, также способностью индуцировать выработку интерферонов в организме, иммуностимулирующим эффектом, антиоксидантной активностью.